Taliban vốn phát sinh từ sự hỗn loạn của Afghanistan thời hậu Xô Viết. Nó bắt đầu như một phong trào chính trị - tôn giáo của trào lưu Hồi giáo chính thống bao gồm các môn đồ Hồi giáo madrasa ở miền nam Afghanistan. Đại đa số thành viên của phong trào Taliban là người dân tộc Pashtun, Taliban đã pha trộn luật lệ bộ lạc Pashtunwali với các yếu tố của lời giáo huấn Hồi giáo Deobandi để tạo thành một hệ tư tưởng chống phương Tây và chống hiện đại mà nó cai trị.

Taliban bắt đầu nhận được sự hỗ trợ từ nước láng giềng Pakistan cũng như từ Ả Rập Xê Út và Các Tiểu vương quốc Ả Rập Thống nhất (UAE). Trong khi đó, các nước như Hoa Kỳ và số khác chỉ đứng quan sát từ xa và hy vọng rằng phong trào mới này sẽ kết thúc cuộc nội chiến Afghanistan.

Khởi đầu từ Kandahar, Taliban cuối cùng đã chiếm được Kabul vào năm 1996. Đến cuối năm 2000, Taliban đã chiếm được gần 90% đất nước, ngoài sự chống đối từ thành trì nằm ở góc phía đông bắc tỉnh Badakhshan, dưới sự kiểm soát của Liên minh phương Bắc. Taliban tìm cách áp đặt một sự diễn giải luật Hồi giáo Sharia hà khắc nhất và sau đó có dính líu tới trong vai trò những người ủng hộ mujahideen (chiến binh thánh chiến), đáng chú ý nhất là việc chứa chấp mạng lưới Al -Qaeda của Osama bin Laden.

Trong suốt lịch sử năm năm của Tiểu vương quốc Hồi giáo, phần lớn dân chúng phải chịu đựng sự hạn chế về tự do và vi phạm nhân quyền. Phụ nữ bị cấm làm việc, các cô gái bị cấm đến trường học và trường đại học, phải mặc burqa ở nơi công cộng và tránh những lời lẽ tục tĩu. Bất cứ ai phản đối đều bị trừng phạt nghiêm khắc. Những người theo chế độ cộng sản cũ bị xử tử một cách hệ thống và những tên trộm bị trừng phạt bằng cách chặt một bàn tay hoặc bàn chân. Trong khi đó, Taliban đã thành công khi xóa bỏ phần lớn hoạt động sản xuất thuốc phiện chỉ trong năm 2001.[10]

Sau những đối xử không nhân nhượng với cộng đồng thiểu số Shia Afghanistan, Iran bắt đầu tăng cường sự hỗ trợ cho Liên minh phương Bắc. Năm 1998, quan hệ Taliban-Iran ngày càng tồi tệ, sau khi lực lượng Taliban chiếm giữ lãnh sự quán Iran ở Mazar-i-Sharif và xử tử các nhà ngoại giao Iran. Sau sự cố này, Iran dọa sẽ xâm lược Afghanistan bằng cách điều động lực lượng quân sự gần biên giới Afghanistan nhưng sự can thiệp của Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc và Mỹ đã ngăn chiến tranh nổ ra.